En 1072, Al-Mamun rey de la Taifa de Toledo destruyó parte de lo que quedaba del acueducto en el ataque que lanzó contra Segovia.
En el siglo XI, Alfonso VI, poco después de la conquista cristiana de Segovia, utilizó muchos de los sillares de las ruinas del acueducto para reforzar las murallas.
Alfonso X el Sabio ordenó la reconstrucción del acueducto en el siglo XIII, con la finalidad de volver a utilizarlo como conducto de agua, aunque todo indica que con poco éxito.
También los Reyes Católicos a finales del siglo XV y principios del XVI llevaron a cabo una gran reparación, construyeron la Cacera Real para traer agua a la ciudad e incluso prohibieron el tránsito por su tramo final.
Con posterioridad, múltiples intervenciones han tenido lugar, fundamentalmente a principios del siglo XVII, a finales del XIX y en el siglo XX.

Analizamos en este capítulo las fábricas del acueducto y una posible datación del mismo.