La primera excavación realizada en el lago de Valencia, y en toda Venezuela, ocurrió en 1877, financiada por Antonio Guzmán Blanco y encabezada por Vicente Marcano. Los objetos de estas excavaciones terminaron en la colección del Museo del Hombre en París y publicada por Gaspar Marcano bajo el título de Ethnographie précolombienne du Vénézuéla.

Al Museo Etnográfico de Berlín también fueron destinados objetos arqueológicos del lago de Valencia, esta vez por encargo. El doctor Alfredo Jahn en 1903 realizó excavaciones cerca del lago, y aunque no logró publicar su investigación, el doctor Von den Steinen presentó un informe de estas excavaciones ante el Congreso Internacional de Americanistas reunido en Stuttgart.

Para 1874 se formaliza la creación del Museo Nacional, el cual funcionaba en un salón de la Universidad Central de Venezuela. Desde 1880 tenemos noticias del ingreso de objetos provenientes de Valencia. Esta colección pasó a formar parte del patrimonio del actual Museo de Ciencias de Caracas.

En 1914, Luis Oramas realiza excavaciones en el lago de Valencia, publica los resultados en II Congreso Panamericano de Washington, y el Estado le adquiere gran parte de la colección en 1938 por un monto de veinte mil bolívares. Hoy ni siquiera forman parte del inventario del Museo de Ciencias.
El primer tratamiento museológico en Venezuela sobre los objetos arqueológicos del lago de Valencia se lo debemos al impulso del doctor Rafael Requena, al conformar "su museo particular" compuesto por más de tres mil objetos, producto de las excavaciones realizadas en el lago de Valencia, apoyadas por el general Gómez y publicadas con el nombre de Vestigios de la Atlántida, pues creía que los hallazgos del lago de Valencia estaban vinculados con la ciudad perdida. En 1935 decide donar dos mil piezas de su colección al Museo de Ciencias. En el inventario realizado por el museo en 1996, sólo quedaban 836 objetos. Por si fuera poco, en Brasil se encuentran piezas valencioides producto de la venta del asistente de Requena, Mario del Castillo.

Debido a la opinión que generó la teoría de la Atlántida y los nexos establecidos a raíz de las negociaciones petroleras con Estados Unidos, vinieron en la década del 30 arqueólogos norteamericanos al lago de Valencia a realizar las primeras excavaciones sistemáticas en Venezuela. Ellos fueron Wendell Bennet, Alfred Kidder y Cornelius Osgood. Los resultados fueron publicados dentro del contexto de sus instituciones y las colecciones están hoy en el Museo Peabody de la Universidad de Yale y el Museo de Historia Natural de Nueva York. Tanto sus investigaciones como el embalaje y traslado de las piezas fueron financiados por el Gobierno de Venezuela.

Una vez inaugurada la actual sede del Museo de Ciencias en Caracas (por cierto llamado Museo de Historia Natural y Arqueología), Walter Dupouy y José María Cruxent comenzaron a realizar excavaciones en la esfera de interacción de Valencia, cuyas colecciones debieran estar dentro de esta institución. Durante las décadas de los 40 y 50 del siglo XX se hicieron diversas exposiciones con estos objetos de Valencia.

A partir de 1963 hasta 2003, todas las excavaciones que se han realizado en el lago de Valencia fueron hechas por la antropóloga Henriqueta Peñalver bajo la figura de la Fundación Lisandro Alvarado, actualmente con las sedes del Museo de Antropología e Historia de Maracay y el Museo de Arte e Historia Casa de los Celis en Valencia, donde se encuentran sendas colecciones; sin embargo, carecen de inventario, hay ausencia de investigaciones y de publicaciones de carácter científico, además de que los objetos no reciben la conservación ni restauración adecuadas.

El Instituto del Patrimonio Cultural, como órgano rector sobre la materia, recibe frecuentemente notificaciones de hallazgos arqueológicos ubicados a lo largo del país. De los estados Aragua y Carabobo ha recibido numerosas comunicaciones, y siguen apareciendo tal como el ocurrido recientemente en el municipio Los Guayos, donde se encontró un cementerio indígena en el patio de una casa, y el cual fue remitido a la Brigada Contra Homicidios del Cuerpo de Investigaciones Científicas, Penales y Criminalísticas. El Estado venezolano no ha establecido todavía los procedimientos, presupuesto, ni las instituciones, que deben encargarse cuando suceden tales hallazgos.